Automatisch geht das prinzipiell nicht, außer das sind minimale Änderungen, an Stellen wo sich der Programmcode nie ändert.
Aber das Versionierungssystem git, in dem der Programmcode von Kivitendo ja gepflegt wird, bietet hierzu tolle Werkzeuge.
Wenn man seine Kivitendo-Version also per git herunterlädt, und die eigenen Änderungen in einem eigenen git Branch pflegt, kann man seine Änderungen nach einem Update durch rebase oder merge meist ziemlich elegant in die neue Programmversion übernehmen. Das erfordert allerdings auch etwas Erfahrung mit solch einem Versionierungssystem.
So arbeiten im Prinzip auch alle Entwickler und alle Dienstleister, die in Kundenprojekten mit kundenspezifischen Erweiterung zu tun haben.