Die Trennung kann man machen, es bedeutet jedoch einen Mehraufwand, der steuerrechtlich nichts bringt.
S. hier: Freiberuf und Gewerbe in einem Mandanten, der Kommentar von praetor. Allein der Umstand, dass die Kundenbasis die selbe sein soll, ist schon ein hinreichendes Indiz dafür, dass hier eine Vermischung stattfindet, d.h. eine Unterscheidung zwischen Freiberuflicher und gewerblicher Tätigkeit nur Aufwand ohne Nutzen darstellt. Die Freiberuflichen Tätigkeiten werden damit ebenfalls umsatzsteuerpflichtig. Imo reicht es dann völlig, wenn für die freiberuflichen Sachen Dienstleistungen angelegt werden. Die kann man ja ein Subkonto buchen, wenn man das lieber immer als Zahl sehen will, statt einen Filter zu bemühen.
Falls man das — warum auch immer — trotzdem trennen will, sind zwei Mandanten und CSV-out/CSV-in der Weg, denn nur so lassen sich zwei getrennte Nummernkreise für Rechnungen, etc. erreichen.