Hi,
ein minimales git-howto steht ja als Anmerkung in der Doku.
Zerstörungsfrei kannst Du erstmal checken, ob es überhaupt Änderungen im Git-Master gibt:
git fetch
git log HEAD..origin/master
Da sollten welche sein ;-)
Für das template-Verzeichnis empfehle ich das Anlegen eines lokalen git-Zweigs, s.a.:https://www.kivitendo.de/kivi/doc/html/ch02s03.html (unter Kapitel 2.3 Anmerkungen).
Da das template/$mein_verzeichnis nicht im git master bekannt ist, gibt es hier keinen Konflikt. Da du aber ggf. Änderungen an den Druckvorlagen selber versionieren möchtest, packst Du diese in den lokalen Zweig.
Ergo:
git checkout -b big_master_turtle
git add templates/my_f-tex
git commit
Weiter wie in der Doku.
git checkout master
git pull
git checkout big_master_turle
git rebase master
service apache2 restart
DB sichern usw., bzw. erstmal in einer Testversion.
Browser-Cache aktualisieren nicht vergessen, da das JS-Zeugs lokal nicht zur Server-Version passt und damit wäre es das dann.
LG